重庆三峡医药高等专科学校学术委员会设主任委员1名，副主任委员3-5名，秘书长1名，副秘书长1－2人。设立秘书处（办公室），有3个专门工作委员会;在院（部）设置或者按照学科领域设置二级学术分委员会。

校学术委员会秘书处负责处理校学术委员会的日常事务，设主任1人，秘书1人。