基础医学部下设6个教研室、1个实验教学中心、1个生命科学馆、1个遗体（器官）捐献接受中心，1个执行管理重庆市抗肿瘤天然药物工程技术研究中心，承担全校所有专业的基础医学课程，为学生的临床实践培养理论基础和实践操作技能。

基础医学部现有教职工59人，其中专兼职教师44人，实验教师15人。教授2人，副教授13人，讲师16人；硕士研究生以上学历43人，其中博士6人。校级教学名师1名、拔尖人才2名、骨干教师6名，名师工作室1个，优秀教研室1个。近五年，共计发表中文核心及以上论文63篇，其中SCI 14篇；授权专利65项，其中发明专利3项、实用新型59项和外观设计3项。主持8门重庆市精品在线开放课程，其中3门获重庆高校在线开放课程平台“月度名课”或“月度在线优秀团队”称号。荣获重庆市教学能力比赛二等奖1项、全国食药行指委微课比赛一等奖1项、人卫慕课微课比赛一等奖和二等奖各1项等，指导学生荣获中国TRIZ杯大学生创新方法大赛三等奖3项，获市级创新方法大赛奖项22项。

基础医学部秉持以德育人的理念，深耕课程思政，围绕培养高素质技能型人才的教学目标，全方位多元化参与专业建设，深化课程内涵，坚持为专业教育服务，为医学人文素质教育奠基。